Ngồi xếp bằng thông thường, ngồi bán già, hoặc ngồi trên ghế hai chân chạm đất. Hai lòng bàn tay đặt trên hai đùi. Eo hơi thót lại. Vai buông lỏng. Cằm hơi thu vào. Lưng thẳng. Hai mắt khép hờ.

Hít vào bằng mủi. Hít vào xuống bụng dưới. Chỉ cần biết trong ý niệm rằng ta đang hít vào một luồng Thiên khí từ đỉnh đầu đi thẳng xuống bụng dưới. Không cần quan tâm khí đi như thế nào,cũng không cần cố hít vào quá sâu.

Thở ra bằng miệng. Trong khi thở ra liên tục phát ra một tự quyết. Ở mỗi hơi thở, tự quyết chỉ phát ra một lần và ngân vang cho đến cuối hơi. Thở ra chậm, nhẹ và đều đồng thời từ từ ép sát bụng vào. Thì thở ra dài hơn thì hít vào. Trong lúc thở ra, môi và lưỡi ở vị trí thích hợp để phát ra âm quyết đã chọn. Tuy nhiên chỉ phát bằng ý niệm mà không phát ra thành tiếng sao cho chỉ có sự rung động trong cổ họng và nghe được rõ ràng trong tâm mà vẫn không phát âm ra ngoài. Như vậy sẽ chỉ có hơi thở thoát ra miệng. Âm quyết chỉ hiện diện trong tư tưởng của người tập, người ngoài không nghe thấy.

Đến cuối hơi thở miệng lại ngậm lại, đầu lưỡi chạm nướu răng trên và tiếp tục hít xuống bụng dưới để bắt đầu chu kỳ thở tiếp theo. Hơi thở nầy kế tiếp hơi thở kia, khoan thai, không thô, không gấp.

Đối với người bình thường có thể tập mỗi âm khoảng 24 hơi thở theo một thứ tự nhất định từ âm nầy đến âm kia. Mỗi ngày có thể tập 1 hoặc 2 lần lúc bụng trống. Trường hợp chữa bệnh có thể tập trung làm nhiều lần hơn khi đến những âm có liên quan đến những rối loạn bệnh lý trong cơ thể.

Tập trung sức chú ý vào âm quyết trong thời gian thở ra là khâu quan trọng nhất trong Lục tự quyết. Do đó không nên nhẩm đếm hơi thở để khỏi phân tán tư tưởng. Có thể sử dụng cách lần chuỗi bằng tay với những chuỗi 24 hạt (hoặc hơn nữa) để kiểm soát được số hơi thở ở mỗi âm quyết.

Sự rung động của những âm tiết trong quá trình thực hành Lục tự quyết có công năng kích hoạt để khai mở một số đại huyệt dọc theo hai mạch Nhâm và Đốc giúp tăng cường sự trao đổi khí giữa nội khí và Thiên Địa khí và gia tăng chân khí.

Lục tự khí công là một phương pháp hô hấp tích cực. Thở sâu xuống bụng dưới giúp phát sinh nội khí ở Đan điền. Kéo dài hơi thở ra giúp gia tăng sự trao đổi chất ở các mô và các tế bào. Ép sát bụng dưới có thể tăng cường chức năng xoa bóp nội tạng của cơ hoành, kích thích tiêu hoá và sự lưu thông khí huyết.

Đối với hệ thần kinh, việc tập trung tư tưởng trong quá trình thực hành Lục tự quyết, đặc biệt thì thở ra chậm và dài, có tác dụng điều hoà thần kinh giao cảm giúp giải toả những triệu chứng bệnh lý do căng thẳng tâm lý gây ra.

Do quá trình thở khí ra, Lục tự khí công được xem là một loại công phu thiên về tả thực và khử trược. Trược khí không chỉ thoát ra bên ngoài theo hơi thở ra ở miệng mà còn qua các huyệt vị và kinh lạc tương ứng với âm quyết và cả tay chân. Do đó trường hợp thực hành để chữa những bệnh như u, bướu, xơ hoá…, người tập không nên ngồi kiết già để trược khí dễ dàng thông thoát ra 2 chân.

Tác dụng khử trược hay thanh tẩy của Lục tự khí công không phải chỉ bắt đầu từ kinh lạc hoặc phủ, tạng mà phát triển ngay từ những trung tâm năng lượng ở cột sống nên còn gọi là tẩy tuỷ. Điểm đặc biệt của Lục tự khí công là hoạt hoá hai đường kinh, một lên một xuống ở hai bên của cột sống qua đó gia tăng khả năng thanh hoá tuỷ sống. Sau một thời gian thực hành, những người có khí cảm tốt có thể nhận biết được một luồng khí từ xương cùng đi lên dọc theo rãnh bên trái của cột sống. Khi đến đỉnh đầu, luồng khí nầy sẽ theo rãnh bên phải cột sống đi xuống xương cùng. Đến xương cùng luồng khí nầy sẽ tự động kích hoạt chơn hoả đi lên mạch Đốc. Hiện tượng nầy trùng khớp với mô tả của những đạo sư Yoga về 3 nguồn năng lượng chính dọc theo cột sống. Luồng Ida mang năng lượng âm ở rãnh bên trái, luồng Pingala mang năng lượng dương ở rãnh bên phải và luồng hoả xà Kundalini theo đường Soushoumna ở giữa cột sống đi lên. Đối với Lục tự khí công, đây là một quá trình phát triển dần dà và tự nhiên, người tập không nên tuỳ tiện vận hành.

Không phát tự quyết ra thành tiếng để tránh tán khí.

Khi thực hành Lục tự quyết, sau quá trình xã trược khí sẽ là quá trình phản hồi tự nhiên thu thanh khí thông qua chính những huyệt vị, kinh lạc mà trược khí đã được thải ra. Do đó Lục tự khí công nên phối hợp với tĩnh toạ để có thể tận dụng và phát huy quá trình phản hồi nầy trong việc thu Thiên Địa khí để tăng cường nội khí. Tĩnh toạ liền sau khi thực hành Lục tự quyết. Thời gian tĩnh toạ không giới hạn nhưng tối thiểu nên bằng với thời gian thực hành Lục tự quyết.

Tĩnh toạ được đề cập ở đây là phương pháp ngồi thiền tự nhiên, không cần vận khí, chỉ cần đạt đến tình trạng thư giãn và nhập tĩnh. Nhập tĩnh là tiến đến quá trình hoà hợp mà người xưa gọi là "Thiên Nhân hợp nhất". Về mặt chữa bệnh, hoà hợp là sự cân bằng giữa Âm và Dương và sự hài hoà giữa ngủ tạng, lục phủ. Đây cũng là quá trình tự điều chỉnh, tự hồi phục của hệ thần kinh trung ương thông qua sự điều hoà của thần kinh giao cảm và cơ chế tương tác giữa thần kinh, thể dịch và nội tạng. Do đó nếu phối hợp với ngồi thiền người tập sẽ không lo tập sai thứ tự hoặc sự sai biệt nhiều ít giữa các âm quyết.

Một trong những thứ tự để thực hành Lục tự quyết là thực hành theo thứ tự tương sinh. Mộc sinh Hoả. Hoả sinh Thổ. Thổ sinh Kim. Kim sinh Thuỷ. Thứ tự đó là HƯ, HA, HÔ, HÍ, SUY, HU. Chữ HU thuộc hành Hoả liên quan đến Tam tiêu được làm sau cùng với ý nghĩa làm điều hoà và thông suốt giữa thượng tiêu, trung tiêu và hạ tiêu. Một hình thức khác là tập theo thứ tự SUY, HÔ, HƯ, HA, HÍ, HU. Thứ tự nầy có khuynh hướng tạo ra một vòng năng lượng từ dưới lên trên, từ huyệt Trường cường đi lên theo cột sống đến đỉnh đầu để khai thông mạch Đốc.

Sau thời gian ngồi thiền, cần quan tâm đến động tác xã thiền để giúp khí huyết lưu thông điều hoà và đưa chân khí lưu tán trở về Đan điền hoặc Mệnh môn.